Transcurre el año 2071. La tripulacion del BEBOP, inicialmente compuesta por Spike Spiegel y Jet Black viaja por por todo el Sistema Solar en busca de recompensas.
A lo largo de sus aventuras se incorporan tres nuevos personajes a su tripulacion: Faye Valentine, Ed y, la mascota, Ein. Durante sus aventuras se desvela la tortuosa relacion entre el protagonista, Spike, y su viejo camarada Vicious lo que conduce al desenlace de la serie. La relacion de Spike con los demas coprotagonista, y sus trasfondos, se dejan entrever en los capitulosintermedios de la serie.