Edward y Alphonse toman un tren con direccion hacia Lior y recuerdan su niñez  en la cual se como perdieron sus cuerpos y como Edward se convierte en un alquimista estatal dandole el titulo de Alquimista de Acero.

Despues de que Ed y Al descubrieran que la piedra Filosofal se realizaba con vidas humanas, decidieron infiltrarse en el Centro de Investigacion Numero 5.  En el, se encontraran a dos guardianes, el numero 48 y numero 66.  Empezaran dos batalls Edward vs No. 48 y Alphonse vs No.66. finalmente, haran su aparicion frente a Ed los homunculos  Envy, Lust y Gluttony, mientras Alphonse caera en el juego Psicologico del No.66.

Los hermanos Elric llegan a Lior, una ciudad engañada donde se cree que existen los milagros, esto es producido por el Padre Cornello quien utiliza la piedra filosofal para realizarlos.

Los hermanos Elric se van a vivir con Shou Tuker  ( El Alquimista de la Vida), su hija Nina y su perro Alexande, por sugerencia de Roy Mustang, con el objetivo de obtener informacion de como regresar a la normalidad sus cuerpos.  Se acerca la prueba de certificacion de Alquimista Estatal de Tuker, quien al no tener otra opcion transmuta a su hija y al perro en una Quimera Parlante.  Los hermanos se sienten frustrados al no poder salvar a Nina, que posteriormente es asesinada por Scar, quien tambien mata a Tucker.

Despues de que Edward y Alphonse fuesen atacados por Scar, los hermanos Elric tienen la necesidad de regresar a Resembool para realizar unas reparaciones.  En el camino, encuentran al Dr. Marco en un pequeño pueblo, ahi descubren que dicho doctor trabajo en la creacion de la Piedra Filosofal, por ahora esta incompleta, aun asi Edward se dirige a ciudad  Central para aprender de las investigaciones realizadas acereca de este preciado objeto.

Para mala suerte de los hermanos Elric, la Primera Seccion de la Biblioteca Nacional de Central esta destruida , y con ella los documentos de la investigacion del doctor Marcoh.  Pero gracias a la ayuda de una antigua bibliotecaria con una memoria prodigiosa, Sheska, podra conseguir los ansiados documentos y descubrir la amarga verdad que hay en la Piedra Filosofal.

El Capitulo trata de Edward y Alfonse deben detener a un extraño alquimista, dominado el Alquimista de hielo, el cual en la masacre de Ishbal, tras haber vivido aquel momento quiere vengarse de los militares intentando congelar ciudad central, ademas de querer matar a King Bradley lo cual no logra.